L’interopérabilité est la capacité de différents systèmes ou plateformes à communiquer et échanger des données de manière transparente. Pour la facturation électronique, c’est un enjeu crucial : toutes les plateformes agréées (PA/PDP) doivent pouvoir s’envoyer mutuellement des factures, même si elles sont éditées avec des logiciels différents. Cette interopérabilité est garantie par le respect de formats standard communs (ex : Factur-X, UBL…) et par l’utilisation d’un réseau d’échange mutualisé comme PEPPOL. Ainsi, une facture émise depuis la plateforme A pourra être reçue et lue correctement par la plateforme B. Le PPF joue également un rôle d’intermédiaire commun en France pour assurer l’échange de données entre toutes les plateformes et l’administration. En somme, l’interopérabilité évite la fragmentation du marché et permet à chaque entreprise de choisir sa solution tout en communiquant avec ses partenaires commerciaux.